Auf dem Weg von den organischen Verunreinigungen des Aquariumwassers durch Ausscheidungen der Fische, durch Futter etc. wird bald die Stufe des Ammoniums/Ammoniaks (siehe dort) erreicht. Die dafür verantwortlichen Bakteriengruppen vermehren sich recht rasch, sodass bei Beachtung der Besonderheit um den PH-Wert, Ammonium/Ammoniak meist kein großes Problem bei der sogenannten Nitrifikation spielen, weil auch die Bakterien, die Ammoniak zu Nitrit umwandeln sich recht flott vermehren – nach 2 bis 5 Tagen kann man beim Einfahren eines Aquariums den Anstieg und Abfall von Ammoniak messen.

Anders sieht die Situation beim weiteren Umbau zu Nitrat aus. Es sind andere Bakterienstämme, die dafür verantwortlich sind. Diese vermehren sich ausgesprochen langsam. Es kann zwei bis drei Wochen dauern bis genug Bakterien im Filter und im Aquarium vorhanden sind um einen raschen Umbau von Nitrit zu Nitrat zu bewirken. Ein frisch eingerichtetes Becken muss also erst ein paar Wochen stehen, bevor man voll mit Fischen besetzt. Vorher unbedingt Nitrit messen. Im funktionierenden Aquarium darf es praktisch nicht nachweisbar sein. Nitrit wirkt als Gift auch sehr rasch auf  viele Schnecken, also auch Schnecken erst bei funktionierendem Filter einsetzen.

Beachten sollte man auch, dass die Nitrifikation erst so richtig in Gang kommt, wenn für die Bakterien genug "Futter" vorhanden ist. Ohne Fische entsteht zu Beginn kaum organische Verunreinigung; so kann man die ersten Wochen ein leeres (nur mit Pflanzen und Bodengrund sowie Technik ausgestattetes) Becken jeden Tag mit wenig Trockenfutter "füttern". Auch die Zugabe von etwas Wasser oder Filterschlamm aus einem laufenden Aquarium kann das Einfahren beschleunigen

Ist ein Becken einmal schon lange in Betrieb, so ist Nitrit normalerweise kein Problem; nur wenn man es komplett ohne Pflege lässt, und das Redoxpotential (Gleichgewicht - siehe dort) sehr schlechte Werte annimmt, dabei der Nitratwert schon relativ hoch ist, kann es vorkommen, dass Nitrat zu Nitrit reduziert wird, was dann üblicherweise zur raschen Ausrottung (Vergiftung) aller Fische und Schnecken führt. Also das Becken etwas pflegen und nicht den regelmäßigen Wasserwechsel versäumen!